En Otavalo predomina la religión cristiana aunque existen diversas sectas, iglesias y congregaciones que han influido  en la inclinación religiosa de los ciudadanos otavaleños, entre estas podemos citar:

LOS EVANGELISTAS

Una de las numerosas sectas en que se ha dividido y subdivido la iglesia evangélica norteamericana llegó a Otavalo en la década del 20, al considerar las amplias posibilidades proselitistas que brindaba la zona.

Una vez establecida la cabeza de puente en Agato la labor evangélica se ha difundido ampliamente debido al poder económico de que dispone,  instalándose en La Compañía, Peguche, Quinchuquí, Ilumán, San Rafael, González Suárez, donde existen iglesias dirigidas por indígenas, y en San Pablo por mestizos. Además de agrupaciones religiosas y de 20 iglesias  distribuídas en la zona. Su organización cuenta con miembros de la iglesia, pastores, diáconos, ancianos y diaconizas bautizados, y numerosos aspirantes que esperan el bautismo.

LA FE BAHA'I

La palabra Baha'i se deriva del persa y significa "La gloria de Dios", demostrando que un baha'i es creyente de la fe.

Otavalo conoció  su mensaje de unidad de pueblos ,razas, naciones, clases y religiones bajo la guía de un Dios único en 1954. En los años de trabajo han conseguido congregar más de cinco mil creyentes, construir un instituto para entrenamiento y educación permanente para no creyentes. Poseen la Radio Baha'i, inaugurada en 1977 con el objeto de difundir actos sociales de carácter comunitario e informaciones sin costo alguno.

VISION MUNDIAL

Desde 1980 en que se instaló en Otavalo ha propendido al desarrollo comunal de las familias campesinas según sus prioridades sociales.

IGLESIA DE LOS SANTOS DE LOS ULTIMOS DIAS

Esta secta procedente de los EEUU,conocida popularmente como Mormones trabaja en el país desde 1965, es una de las más poderosas  organizaciones economico-religiosas del mundo occidental, bajo cuya cuantiosa fortuna edifica lujosos templos, edificios para actividades sociales y culturales.

En Otavalo su función proselitista data de 1968; hasta ahora han construído capillas en la ciudad y otras en Pucará, Cotama y Quiroga, en donde jóvenes misioneros atienden a 2700 fieles inscritos..

 Otra secta establecida en la ciudad es la de "Testigos de Jehová" que mantiene desde 1979 un Salón del Reino para el culto de pocos fieles; y, también Los Pentacostales, arriendan una sala para el culto dominical.

El tradicional culto católico se ha visto menguado y cuestionado por la arremetida de estas sectas de tan diverso origen y propósito